На постоянной основе таможня Оренбурга осуществляет контроль за перемещением через границу транспортных средств, товаров, иных вещей и материальных ценностей, взимает таможенные платежи. В ее функции входит таможенное оформление и контроль. Это заключается во взимании установленного таможенного сбора за перевозимый товар, в мониторинге за его перемещением, а также в пресечении противоправной деятельности. Если гражданин берет с собой в поездку вещи, которые должны быть задекларированы, он заполняет специальную форму. В свою очередь, таможня в Оренбурге осуществляет сбор пошлин, установленных законодательством.
Сотрудники ведомства стоят на страже экономических интересов России и обеспечивают безопасность в рамках сферы своей деятельности. Особенно активно они ведут борьбу с незаконной провозкой грузов и товаров (контрабандой). Представители таможни в Оренбурге взимают налоги, создают условия для ускорения товарооборота через границу, ведут статистику, обеспечивают выполнение принятых Российской Федерацией обязательств по части таможенного дела.